肛瘘手术通常采用瘘管切开术或挂线疗法，术后换药需每日1-2次持续2-4周。手术过程包括麻醉消毒、瘘管定位、病灶清除等步骤，术后换药重点在于创面清洁与抗感染。
肛瘘手术需在腰麻或骶管麻醉下进行，术野消毒后通过探针定位瘘管走向，完整切除瘘管及周围坏死组织，深部瘘管可能采用挂线疗法分期处理。术后24小时内需加压包扎止血，48小时后开始首次换药。换药时先用生理盐水冲洗创面，清除分泌物后填入凡士林纱条引流，外层覆盖无菌敷料。术后3-5天可能出现淡血性渗液，7-10天肉芽组织开始生长。若采用挂线疗法，需每隔3-5天收紧橡皮筋直至瘘管完全切开。
术后换药需观察创面愈合情况，出现脓性分泌物、剧烈疼痛或发热需及时就医。排便后建议用1：5000高锰酸钾溶液坐浴10分钟再换药。复杂肛瘘可能需多次换药直至创面完全上皮化，期间应避免久坐久站。糖尿病患者或免疫力低下者愈合时间可能延长至6-8周。
肛瘘术后应保持每日饮水量2000毫升以上，多摄入燕麦、芹菜等高膳食纤维食物促进排便。避免辛辣刺激饮食及饮酒，穿着宽松棉质内裤减少摩擦。恢复期可进行提肛锻炼增强肛门括约肌功能，每日3组每组20次。术后2周内禁止骑自行车、深蹲等增加腹压的运动，1个月内避免重体力劳动。定期复查确认瘘管完全愈合，若出现肛门失禁、创面出血等并发症需立即返院处理。术后3个月需复查肛门指诊及超声排除复发可能。