软骨肉瘤能否切除干净取决于肿瘤分期和手术方式，早期局限性肿瘤通过广泛切除术可能实现根治，中晚期浸润性生长者常需结合放化疗综合治疗。
对于未侵犯周围重要结构的低级别软骨肉瘤，广泛切除术可将肿瘤连同周围正常组织整体切除，术后复发概率较低。手术需确保切缘病理检查阴性，必要时采用3D打印假体或同种异体骨进行功能重建。若肿瘤已侵犯神经血管束或发生远处转移，则难以完全切除，需术前新辅助化疗缩小病灶范围，术后辅助放疗控制局部复发。病理分级为3级的去分化型软骨肉瘤对放化疗敏感性差，即使扩大切除仍易复发转移。
特殊解剖位置的骨盆软骨肉瘤因毗邻脏器复杂，彻底切除难度较大，常采用半骨盆切除术联合定制型人工关节置换。复发型软骨肉瘤二次手术时需扩大切除范围至既往瘢痕外3厘米以上，术中配合冷冻消融或射频灭活技术处理可疑病灶。儿童软骨肉瘤保留骨骺的保肢手术需平衡根治性与生长发育需求，术后需长期随访监测。
软骨肉瘤患者术后应定期进行影像学复查，前两年每3个月复查MRI观察局部情况，后三年每6个月复查胸部CT排除肺转移。康复期需在物理治疗师指导下进行渐进式功能锻炼，骨盆肿瘤患者需使用助行器过渡6-12个月。营养方面注意补充维生素D和钙质促进骨愈合，避免剧烈对抗性运动防止假体松动。出现持续性疼痛或新发肿块应及时返院检查，遗传性多发骨软骨瘤患者需筛查家族成员。