肛瘘通常可以彻底治愈，但需根据瘘管复杂程度选择手术方式。治疗方式主要有单纯性肛瘘切除术、复杂性肛瘘挂线术、肛瘘切开引流术、生物材料填充术以及激光闭合术。
1、单纯性肛瘘切除术
适用于低位单纯性肛瘘，通过完整切除瘘管及感染灶实现治愈。术后创面较小，愈合时间通常为2-4周。需注意术后每日坐浴保持清洁，避免粪便污染伤口。
2、复杂性肛瘘挂线术
针对高位或马蹄形肛瘘，采用弹性挂线缓慢切割瘘管，保护肛门括约肌功能。治疗周期较长，需定期门诊调整挂线松紧度，全程约需6-8周。可能出现暂时性肛门失禁，多数可自行恢复。
3、肛瘘切开引流术
适用于急性感染期患者，先切开排脓控制感染，二期再行根治手术。术后需每日换药，使用康复新液冲洗创面，配合头孢克肟分散片等抗生素预防感染。
4、生物材料填充术
采用猪小肠黏膜下层基质等生物材料填塞瘘管，创伤较小但复发率略高。术后需避免剧烈运动，保持大便通畅，定期复查瘘管闭合情况。
5、激光闭合术
通过激光光纤灼闭瘘管内壁，适合浅表性肛瘘。具有出血少、恢复快的优势，但深部瘘管可能需联合其他术式。术后24小时内禁食，逐步过渡到流质饮食。
肛瘘术后应保持每日1-2次温水坐浴，每次15-20分钟；选择高膳食纤维饮食如燕麦、西蓝花，每日饮水不少于2000毫升；避免久坐久站，可进行提肛锻炼增强盆底肌功能；术后3个月内禁止骑自行车、深蹲等可能撕裂伤口的运动；定期随访至少6个月以监测复发迹象，若出现肛门肿痛、渗液需及时复查。合并糖尿病患者需严格控制血糖，吸烟者建议术前戒烟以促进愈合。