肛瘘不手术通常难以彻底治愈。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道，保守治疗可能暂时缓解症状，但复发概率较高。
对于单纯性低位肛瘘，若瘘管较浅且感染轻微，可尝试抗生素控制感染，如头孢克肟分散片、甲硝唑片、左氧氟沙星片等。配合高锰酸钾坐浴、局部涂抹红霉素软膏等，可能使部分患者症状减轻。但瘘管壁纤维化后，药物难以穿透，感染灶可能持续存在。
复杂性肛瘘或高位肛瘘因瘘管走行深、分支多，保守治疗基本无效。未手术者可能出现反复流脓、肛周肿痛，甚至继发肛周蜂窝织炎或败血症。部分患者尝试中医挂线疗法，但仍有较高复发风险。
肛瘘患者日常需保持肛门清洁，排便后可用温水冲洗。避免久坐久站，减少辛辣刺激饮食。若出现发热、肛周红肿加剧应及时就医。手术仍是根治肛瘘的主要方式，建议根据瘘管类型选择肛瘘切开术、瘘管切除术或括约肌保留术，术后配合康复新液坐浴促进创面愈合。