脑干肿瘤的治疗效果与肿瘤性质、位置及个体差异有关，部分良性肿瘤通过手术联合放化疗可能治愈，恶性肿瘤通常以延长生存期和改善生活质量为目标。
脑干作为生命中枢，手术难度极高，但现代显微神经外科技术已能对部分局限性低级别胶质瘤或血管母细胞瘤实现全切。对于无法手术的弥漫内生型桥脑胶质瘤，质子治疗等精准放疗可控制病灶进展。化疗方案如替莫唑胺对某些类型肿瘤敏感，靶向药物如贝伐珠单抗可缓解水肿症状。近年来电场治疗等新疗法为复发患者提供选择，免疫治疗在临床试验中展现潜力。多学科诊疗模式下，70%以上患者生存期超过5年，儿童患者对治疗反应优于成人。
约20%的脑干肿瘤属于高级别恶性胶质瘤，现有手段难以根治。这类肿瘤呈浸润性生长，手术易损伤呼吸心跳中枢，放疗后可能出现放射性坏死。部分患者对传统化疗耐药，基因突变导致靶向治疗失效。晚期患者常合并脑积水、颅神经麻痹等严重并发症，需脑室腹腔分流术等姑息治疗。即使采用综合治疗，中位生存期通常不超过12个月，但个体差异显著。
确诊脑干肿瘤后应尽早就诊于神经肿瘤专科，治疗期间需定期复查MRI监测病情变化。术后患者应进行吞咽功能训练和平衡康复，放化疗期间注意口腔护理和营养支持。日常避免剧烈运动防止跌倒，出现头痛呕吐或意识改变需立即就医。家属应学习基本护理技能，关注患者情绪变化，必要时寻求心理医生帮助。合理搭配高蛋白、高维生素饮食，保证充足睡眠有助于维持免疫功能。