脑干脑炎多数情况下可以治愈，但具体预后与病因、病情严重程度及治疗时机密切相关。脑干脑炎主要由病毒感染、自身免疫反应等因素引起，需通过抗病毒、免疫调节等综合治疗控制病情。
病毒性脑干脑炎早期规范使用抗病毒药物如阿昔洛韦注射液、更昔洛韦氯化钠注射液等，配合糖皮质激素减轻炎症反应，多数患者1-3个月可逐渐恢复神经功能。自身免疫性脑干脑炎需采用静脉注射免疫球蛋白、甲泼尼龙琥珀酸钠等免疫抑制剂，部分患者需联合血浆置换，治疗周期通常为3-6个月，80%以上患者症状可显著改善。重症患者若出现呼吸衰竭需气管插管辅助通气，合并脑水肿时需甘露醇注射液脱水降颅压，此类患者康复周期可能延长至6-12个月，但通过康复训练仍可能恢复部分功能。
脑干脑炎患者康复期需保持充足营养摄入，适当补充B族维生素营养神经，避免高脂饮食加重炎症反应。肢体功能障碍者应每日进行关节被动活动预防挛缩，言语吞咽障碍需配合康复师进行吞咽功能训练。定期复查脑电图和头颅核磁共振评估恢复情况，睡眠障碍者可短期使用右佐匹克隆片改善睡眠质量，但须严格遵医嘱用药。保持乐观心态有助于神经功能重塑，家属需注意患者情绪变化并及时疏导。