含糖胃蛋白酶在常规剂量下通常无明显副作用，但过量使用可能引起胃肠不适或血糖波动。
含糖胃蛋白酶作为助消化药物，主要成分为胃蛋白酶与蔗糖。正常服用时，胃蛋白酶可帮助分解食物中的蛋白质，蔗糖则用于改善口感。该药物在消化功能减弱或术后恢复期患者中使用较普遍，短期按医嘱服用安全性较高。部分人群可能出现轻度腹胀、反酸等胃肠反应，通常与个体敏感性或空腹服药有关。蔗糖成分对血糖影响较小，但糖尿病患者长期大量服用需警惕潜在血糖波动风险。药物过量可能干扰胃酸分泌平衡，导致恶心、腹泻等不适症状。
极少数情况下，含糖胃蛋白酶可能诱发过敏反应，表现为皮疹、瘙痒或面部水肿。先天性蔗糖酶-异麦芽糖酶缺乏症患者禁用该药物，因无法代谢蔗糖可能导致严重腹泻。儿童、孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下谨慎使用，避免自行调整剂量。若服药后出现呕血、黑便等消化道出血症状，需立即停药并就医。
使用含糖胃蛋白酶期间建议避免辛辣刺激性饮食，规律进食以减轻胃肠负担。服药后出现持续不适可尝试分次少量服用，或与食物同服降低刺激。糖尿病患者需监测血糖变化，必要时咨询医生调整降糖方案。储存时注意防潮避光，开封后尽快使用以保证药效。若需长期服用，应定期复查胃功能及营养状况，避免药物依赖或营养吸收不良。