肛肠镜和肠镜的主要区别在于检查范围与适用疾病不同，肛肠镜主要用于肛门及直肠下端检查，肠镜则可观察全结肠及部分回肠末端。
肛肠镜是一种硬质或软质内窥镜，长度通常为15-20厘米，主要用于检查肛门、肛管和直肠下段病变，如痔疮、肛裂、直肠息肉等。检查前仅需简单清洁灌肠，操作时间较短，多数无需麻醉。肠镜分为普通肠镜和无痛肠镜，镜身长度可达1.6米，能完整观察直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠直至回盲部，适用于炎症性肠病、结肠癌筛查等。检查前需严格肠道准备，服用泻药清洁全结肠，操作时间较长，无痛肠镜需静脉麻醉。
从设备构造来看，肛肠镜直径较粗且镜身短，镜头视角固定；肠镜采用可弯曲电子镜身，配备充气、注水、活检等功能通道。肛肠镜不能替代肠镜的全结肠检查功能，但对于肛门部疾病诊断更具针对性。两种检查的并发症风险也不同，肛肠镜可能引起肛门不适或少量出血，肠镜则存在肠穿孔、出血等风险，但总体概率较低。
接受肛肠镜检查后一般可立即恢复正常饮食，检查当天避免剧烈运动即可。肠镜检查后需观察2小时再进食流质，无痛肠镜后24小时内禁止驾驶或高空作业。两种检查前均应告知医生药物过敏史和出血性疾病史，肠镜检查者需提前调整抗凝药物。日常保持高纤维饮食、规律排便习惯有助于预防肛肠疾病，40岁以上人群建议定期进行肠癌筛查，具体检查方式需由专科医生根据症状和风险因素评估选择。