儿童癫痫多数情况下通过规范治疗可以控制发作甚至治愈，具体预后与病因、发作类型及治疗依从性有关。
儿童癫痫的治疗效果与病因密切相关。原发性癫痫若早期使用丙戊酸钠口服溶液、左乙拉西坦片等抗癫痫药物规范治疗，60-70%患儿可实现无发作。继发于脑损伤或遗传代谢病的癫痫，需针对原发病治疗，如结节性硬化症患儿需联合雷帕霉素靶蛋白抑制剂。部分局灶性癫痫经2-3种药物联合治疗无效时，经术前评估后行致痫灶切除术可能实现根治。
少数难治性癫痫患儿可能需终身服药，如Dravet综合征患者需持续使用氯巴占片控制发作。伴严重脑发育畸形的患儿预后较差，但通过生酮饮食联合药物仍可减少50%以上发作频率。婴儿痉挛症患儿在发病后1个月内接受促肾上腺皮质激素治疗可改善认知预后。
家长应定期带患儿复查脑电图和血药浓度监测，保证充足睡眠并避免闪光刺激，记录发作日记帮助医生调整方案。日常注意补充维生素B6和镁元素，避免剧烈运动时发生意外伤害，学校活动中需提前告知教师应急处理措施。若发作持续时间超过5分钟或连续发作，应立即送医处理。