复杂性紫绀型先天性心脏病通常难以完全根治，但可通过手术改善症状和心脏功能。治疗方式主要有姑息性手术、根治性手术、药物控制、介入治疗和心脏移植。
姑息性手术适用于无法一次性根治的患儿，通过增加肺血流或减轻心脏负荷改善缺氧症状，如体肺分流术或上腔静脉-肺动脉吻合术。根治性手术需根据具体畸形类型设计，如法洛四联症根治术需修补室间隔缺损并扩大右室流出道，但术后可能遗留心律失常等问题。药物控制主要用于缓解症状或术前准备，如地高辛口服溶液可增强心肌收缩力，盐酸艾司洛尔注射液可控制心动过速，华法林钠片预防血栓形成。介入治疗适用于部分病例，经导管封堵动脉导管未闭或房间隔缺损可减少右向左分流。终末期患者可考虑心脏移植，但需终身服用免疫抑制剂且供体稀缺。
部分轻症患者经早期手术干预可能接近正常生理状态，但多数复杂畸形患者术后仍需长期随访。合并肺动脉高压、多发性心脏畸形或染色体异常者预后较差，术后可能残留心功能不全或运动耐量下降。新生儿期即出现严重缺氧发作的患儿手术风险较高，需分阶段治疗。
患者术后需定期复查心脏超声和心电图，避免剧烈运动和高原环境。饮食应保证充足热量和蛋白质，限制钠盐摄入。接种疫苗前需咨询医生，预防感染性心内膜炎。出现气促、紫绀加重或下肢水肿时应及时就医。家长需学习心肺复苏技能，关注患儿生长发育曲线和精神状态。