膀胱镜检查通常会有一定不适感，但多数患者可以耐受。检查过程中可能出现的轻微疼痛或胀感与个体敏感度、操作技术及设备类型有关。
膀胱镜检查的不适感主要来源于尿道插入内窥镜时的机械刺激。普通膀胱镜采用硬质镜体，可能引起较明显的异物感和短暂刺痛，尤其是男性因尿道较长更易感知。女性尿道较短且直，不适感相对较轻。检查前会使用表面麻醉剂涂抹尿道口，可降低黏膜敏感性。现代软性膀胱镜直径更细、可弯曲，能减少对尿道的摩擦，适合痛阈较低或需反复检查的患者。
少数情况下可能出现较强痛感，多见于尿道狭窄、前列腺增生等存在解剖结构异常的患者。急性泌尿系统感染时黏膜充血水肿，检查可能加重灼痛感。精神高度紧张会放大痛觉反应，检查前充分沟通和心理疏导有助于缓解焦虑。操作者熟练度不足可能导致反复插管或动作粗暴，增加黏膜损伤风险。
检查前2小时建议少量饮水保持膀胱适度充盈，避免空腹或过量饮水。穿宽松衣物方便检查，提前排空肠道减少腹压。检查后多喝水促进排尿，出现持续血尿或发热需及时就医。可选择上午进行检查以便观察后续反应，检查后24小时内避免骑车、重体力劳动等可能摩擦会阴部的活动。定期复查者可与医生讨论采用无痛膀胱镜方案。