男性膀胱镜检查通常会有一定不适感，但多数情况下可以耐受。检查过程中可能产生尿道刺激或短暂疼痛，具体感受因人而异。
膀胱镜检查时，医生会将带有摄像头的细管经尿道插入膀胱。男性尿道较长且存在生理弯曲，可能引发牵拉感或灼热痛，尤其在通过前列腺部尿道时较明显。现代采用局部麻醉凝胶可降低黏膜敏感度，配合深呼吸能缓解紧张带来的肌肉痉挛。部分医疗机构提供镇静镇痛措施，进一步减少检查不适。检查后可能出现轻微血尿或尿频，通常1-2天自行消失。
少数对疼痛敏感或存在尿道狭窄的患者可能体验较强痛感。既往有前列腺增生、泌尿系感染未控制或神经源性膀胱者不适感可能加重。检查前沟通病史、选择软性膀胱镜或超细径器械能改善体验。严重并发症如尿道损伤概率极低，但突发剧烈疼痛需立即告知医生中断操作。
检查前2小时建议适量饮水保持膀胱适度充盈，穿着宽松衣物方便检查。术后24小时内避免骑车、重体力劳动及性生活，观察排尿情况。可饮用蔓越莓汁预防尿路感染，出现持续血尿、发热或排尿困难需及时复诊。日常注意会阴清洁，规律排尿勿憋尿，有慢性前列腺炎病史者提前告知医生评估检查时机。