扁桃体发炎时抽烟可能加重炎症反应并延缓恢复。烟草中的有害物质会刺激黏膜、抑制免疫功能，并增加继发感染风险。
烟草燃烧产生的焦油和尼古丁会直接刺激扁桃体黏膜，导致局部充血水肿加剧。炎症状态下黏膜屏障功能下降，烟雾中的化学物质更易穿透组织，引发持续性疼痛和灼烧感。吸烟时高温气流还会造成物理性损伤，使已形成的溃疡面难以愈合。
尼古丁会抑制中性粒细胞和巨噬细胞的吞噬功能，削弱机体对病原体的清除能力。长期吸烟者扁桃体隐窝内细菌定植量显著增加，常见肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等病原体繁殖，可能诱发化脓性扁桃体炎。临床观察显示吸烟患者抗生素疗程往往需要延长。
烟雾中的一氧化碳会与血红蛋白结合，降低血氧饱和度。扁桃体组织在缺氧环境下修复速度减慢，胶原蛋白合成受阻。部分患者会出现扁桃体表面假膜形成，甚至发生组织坏死。吸烟还可能掩盖疼痛症状，导致患者忽视病情进展。
吸烟会破坏呼吸道纤毛运动功能，减弱黏液清除能力。这使得扁桃体炎产生的炎性分泌物滞留，成为细菌培养基。反复吸烟刺激可能导致淋巴滤泡萎缩，影响局部免疫功能。部分病例会发展为慢性扁桃体炎，出现组织纤维化改变。
电子烟同样存在风险，其产生的气溶胶含丙二醇和香料添加剂，可能引发化学性咽喉炎。部分电子烟使用者会出现更持久的咽喉干燥和异物感。尼古丁盐制剂会延长成瘾性，间接影响治疗依从性。
扁桃体发炎期间应严格戒烟，避免被动吸烟环境。保持每天2000毫升温水摄入有助于冲刷咽喉部有害物质，用生理盐水漱口可减轻黏膜刺激。饮食选择常温流质食物如米汤、藕粉，避免过硬或过烫食物造成机械损伤。保证7-8小时睡眠有助于免疫功能恢复，卧室可使用加湿器维持50%湿度。若出现持续发热、吞咽困难或颈部淋巴结肿大，应及时到耳鼻喉科就诊。恢复期可适当补充维生素C和锌元素，但须遵医嘱使用抗生素，不可自行增减药量。