根治口腔溃疡需根据病因综合治疗，主要方法有调整饮食、局部用药、口服药物、中医调理和免疫调节治疗。
1、调整饮食
避免辛辣刺激、过硬或过烫食物，减少对溃疡面的物理化学刺激。增加富含维生素B族的食物如瘦肉、鸡蛋、全谷物，以及富含维生素C的新鲜蔬菜水果，有助于黏膜修复。每日饮水1500-2000毫升保持口腔湿润。
2、局部用药
使用复方氯己定含漱液消炎杀菌，或涂抹重组人表皮生长因子凝胶促进创面愈合。疼痛明显时可选用利多卡因凝胶局部麻醉。含服西地碘片对病毒性溃疡有效，注意用药后30分钟内避免进食。
3、口服药物
反复发作者可短期服用泼尼松片控制炎症反应，维生素B12片改善黏膜代谢。免疫异常患者可用转移因子胶囊调节免疫功能。合并贫血需补充硫酸亚铁片，幽门螺杆菌感染者需配合抗生素治疗。
4、中医调理
心脾积热型用导赤散加减，阴虚火旺型选知柏地黄丸。局部可喷西瓜霜喷剂或涂冰硼散，配合针灸足三里、合谷等穴位。顽固性溃疡可用吴茱萸研末醋调敷涌泉穴引火下行。
5、免疫调节
对自身免疫性溃疡可采用沙利度胺片抑制肿瘤坏死因子，严重者使用环孢素软胶囊。定期检测免疫球蛋白和淋巴细胞亚群，避免过度免疫抑制导致感染。生物制剂如干扰素凝胶对某些病毒相关溃疡有效。
保持规律作息与情绪稳定，每日用软毛牙刷轻柔刷牙两次，饭后及时漱口。戒烟限酒，避免熬夜等降低免疫力的行为。记录溃疡发作频率与诱因，定期口腔检查排除白塞病等系统性疾病。发作期可含服蜂蜜或冷藏酸奶缓解疼痛，但糖尿病患慎用。病程超过两周不愈或伴有发热、淋巴结肿大需及时就诊。