新生儿Rh血型不合溶血病预后与病情严重程度及干预时机密切相关，轻症患儿经规范治疗多可完全康复，重症患儿可能出现神经系统后遗症或需长期随访。
Rh血型不合溶血病患儿若出生后及时接受光疗、静脉注射免疫球蛋白或换血治疗，血红蛋白水平可在1-2周内逐渐恢复，黄疸症状多在7-10天消退。这类患儿远期生长发育通常不受影响，无须特殊干预。对于发生严重贫血或胆红素脑病的患儿，可能出现听力障碍、运动发育迟缓等神经系统损害，需定期进行听力筛查、脑干听觉诱发电位检测及神经发育评估。部分重症患儿可能遗留认知功能障碍或运动协调异常，需持续接受康复训练。
极少数未及时治疗的危重病例可能出现核黄疸导致脑瘫或智力障碍，这类患儿需多学科联合管理。合并心力衰竭或凝血功能障碍者预后较差，可能需反复输血或血浆置换。早产儿或低出生体重儿因血脑屏障发育不完善，更易发生胆红素神经毒性，远期后遗症风险显著增加。
建议确诊Rh溶血病的新生儿在出生后密切监测胆红素变化曲线，坚持母乳喂养有助于促进胆红素排泄，避免脱水加重黄疸。出院后应定期复查血常规和网织红细胞计数，按医嘱补充铁剂预防贫血。家长需注意观察患儿肌张力、追视反应等神经发育标志，按时完成疫苗接种，避免感染诱发溶血危象。对于存在后遗症的患儿，应建立包括新生儿科、康复科、儿童保健科在内的长期随访计划，早期开展运动训练和语言刺激可改善预后。