新生儿胆汁淤积通常较容易治疗，多数患儿通过药物干预和营养管理可有效改善症状。少数合并胆道闭锁等严重病因的患儿需手术干预。
新生儿胆汁淤积的治疗效果与病因密切相关。由感染、代谢异常或母乳性黄疸等因素引起的胆汁淤积，使用熊去氧胆酸片、苯巴比妥片等药物配合母乳调整后，黄疸和粪便颜色可在数周内逐渐恢复正常。部分患儿需补充维生素AD滴剂等脂溶性维生素，预防营养缺乏。
对于胆道闭锁等结构性异常的患儿，葛西手术是主要治疗手段，但术后仍可能面临肝功能持续损伤的问题。这类患儿需长期随访监测胆红素水平和肝脏超声，必要时考虑肝移植。遗传代谢性疾病如阿拉吉欧综合征引起的胆汁淤积，需结合基因检测制定个体化方案。
家长需定期观察患儿皮肤黄染程度、粪便颜色及体重增长情况，按医嘱规范用药。喂养时可选择含中链甘油三酯的配方奶粉减轻脂肪吸收障碍，避免过度包裹导致体温升高加重黄疸。若发现患儿嗜睡、拒奶或黄疸持续加深，应立即就医复查肝功能与腹部超声。