脑血栓需在具备神经内科或卒中中心的医疗机构进行规范化治疗，急性期建议立即前往能开展静脉溶栓或取栓手术的三级医院。
脑血栓的救治需要分阶段进行。发病4.5小时内可考虑静脉溶栓治疗，需使用阿替普酶注射液等药物，这类治疗通常仅在具备卒中绿色通道的医院开展。超过时间窗但存在大血管闭塞的患者，可能需要机械取栓手术，该技术需依赖数字减影血管造影设备，多数三级医院可实施。病情稳定后转入神经内科病房进行抗血小板聚集、调脂稳斑等药物治疗，常用药物包括阿司匹林肠溶片、硫酸氢氯吡格雷片等。恢复期需结合康复医学科进行运动功能训练，部分二级医院也可提供基础康复服务。基层医疗机构主要承担长期随访和二级预防，如血压血糖监测等。
脑血栓患者出院后需坚持服用抗凝药物如华法林钠片，定期监测凝血功能，保持低盐低脂饮食，每日进行30分钟有氧运动，控制血压低于140/90毫米汞柱，血糖达标值根据个体情况调整，戒烟并避免被动吸烟，每3个月复查颈动脉超声和经颅多普勒，发现言语不清或肢体无力等症状时立即就医。家属应学习识别卒中早期症状，家中备好急救药物，建立紧急送医预案，选择距离最近且有溶栓资质的医院作为首选救治点。