新生儿败血症治好后多数不会遗留后遗症，但少数重症患儿可能出现神经系统损伤、听力障碍等远期并发症。
新生儿败血症若早期规范治疗且未合并化脓性脑膜炎等严重感染，治愈后患儿生长发育通常与健康儿童无异。规范的抗生素使用及支持治疗可有效清除病原体，避免器官功能持续受损。临床随访数据显示，轻中度败血症患儿在完成疗程后，血常规、炎症指标等实验室检查可恢复正常，体格和智力发育不受明显影响。
部分重症败血症合并多器官功能障碍的患儿，尤其是早产儿或低出生体重儿，可能遗留不同程度的后遗症。常见问题包括脑室周围白质软化导致的运动障碍、感音神经性耳聋、视力异常等神经系统损害。这类患儿需定期进行听力筛查、发育评估及康复训练，部分病例可能需长期使用营养神经药物如鼠神经生长因子注射液、胞磷胆碱钠注射液等辅助治疗。
家长应遵医嘱定期带治愈后的新生儿进行儿童保健科随访，监测身高体重增长曲线、神经行为发育等指标。日常注意观察患儿喂养情况、睡眠质量及反应灵敏度，避免再次感染。提倡母乳喂养以增强免疫力，保持居室通风清洁，接触婴儿前严格洗手。若发现患儿出现异常哭闹、肌张力异常或听力反应迟钝等情况，需及时就医评估。