新生儿肺炎治好后通常不会遗留后遗症，但若存在严重并发症或治疗不及时，可能影响肺部发育或遗留慢性病变。
新生儿肺炎经规范治疗后，多数患儿肺部炎症可完全吸收，呼吸功能恢复正常。早产儿或低体重儿因肺部发育不成熟，恢复期可能稍长，但一般不会造成永久性损伤。部分患儿在康复后可能出现暂时性肺纹理增粗，随着生长发育可逐渐消退。
少数合并脓胸、肺不张等严重并发症的患儿，可能遗留局限性肺纤维化或支气管扩张。极重度感染导致缺氧缺血性脑损伤的患儿，可能伴随神经发育迟缓。先天性免疫缺陷或遗传代谢病患儿，肺部感染易反复发作，需长期随访。
建议家长定期带患儿进行儿童保健检查，监测生长发育指标；保持室内空气流通，避免接触呼吸道感染患者；母乳喂养有助于增强免疫力，辅食添加需循序渐进；观察患儿呼吸频率、吃奶状况，若出现呼吸急促、拒奶等情况需及时复诊；康复期可遵医嘱进行抚触或被动运动，促进心肺功能恢复。