隐形牙套不适合存在严重牙周病、未控制的龋齿、颞下颌关节紊乱或牙齿严重错位等情况的患者使用。
牙周病患者的牙龈和牙槽骨支撑力不足，佩戴隐形牙套可能加重牙齿松动。活动期龋齿患者需先完成充填治疗，否则矫治器封闭环境易引发龋坏扩散。颞下颌关节紊乱患者在矫治中可能出现关节弹响或疼痛加剧，需优先处理关节问题。对于牙齿严重扭转或深覆合患者，隐形牙套难以提供足够力学控制，传统托槽效果更佳。儿童及青少年因恒牙未完全萌出，牙根发育未成熟，通常不建议早期使用隐形矫治。
部分职业如管乐演奏者、播音员等需频繁口腔活动的人群，可能因摘戴不便影响使用效果。精神障碍或认知功能障碍患者难以坚持每日佩戴20小时以上的要求。对高分子材料过敏者可能出现口腔黏膜刺激反应。经济条件有限者需考虑隐形矫治费用显著高于传统矫正的情况。
选择矫治方案前应进行全景片和口腔扫描等全面检查，正畸医生会评估牙周状况、咬合关系及骨量情况。矫治期间需严格保持口腔卫生，使用专用清洁片定期浸泡牙套，避免饮用有色饮料造成染色。每餐后刷牙再佩戴牙套，随身携带收纳盒防止丢失。定期复诊监控矫治进度，出现附件脱落或牙套不贴合等情况需及时处理。保持均衡饮食，避免咀嚼过硬食物影响矫治效果。