隐形牙套不适合严重牙周病患者、牙齿严重拥挤或错位者、儿童乳牙期患者、无法坚持佩戴者以及有颞下颌关节疾病者。隐形牙套主要通过高分子材料制作的透明矫治器施加温和力量移动牙齿，其适用性受口腔健康状况、年龄及患者依从性等因素影响。
1、严重牙周病
牙周炎活动期患者牙龈萎缩、牙槽骨吸收明显，牙齿松动度增加。此时佩戴隐形牙套可能加重牙齿位移风险，导致牙齿脱落。需先进行牙周基础治疗控制炎症，待牙周组织稳定后再评估正畸可行性。临床常用盐酸米诺环素软膏辅助控制感染，或通过翻瓣术清除病灶。
2、牙齿严重畸形
牙齿扭转超过45度或间隙超过6毫米的病例，隐形矫治器难以产生足够矫治力。传统托槽可提供更强支抗，必要时需配合种植钉辅助牵引。骨性三类错颌等颌骨发育异常者，可能需正颌手术联合治疗。
3、乳牙期儿童
12岁以下儿童颌骨处于快速发育期，乳牙牙根吸收会导致矫治器固位不良。混合牙列期可能出现矫治器压迫恒牙胚风险。儿童自控能力较差，难以保证每日20小时以上佩戴时间，影响矫治效果。
4、依从性差者
隐形牙套需严格遵循每日佩戴22小时、定期更换矫治器的要求。经常遗忘佩戴或丢失矫治器会导致矫治周期延长。精神障碍患者或酗酒者可能误吞矫治器，建议选择固定矫治装置。
5、颞下颌关节病
关节盘移位患者佩戴矫治器可能加重关节区疼痛或弹响。需先通过咬合板治疗稳定关节位置，疼痛急性期可短期使用双氯芬酸钠缓释片缓解症状。关节器质性病变者建议选择创伤更小的正畸方案。
考虑隐形矫正者应完成全景片、头影测量等全面检查。矫治期间须加强口腔清洁，使用冲牙器清除矫治器内食物残渣，避免饮用染色饮料。每餐后需用含氟漱口水含漱，定期进行专业洁治防止釉质脱矿。出现矫治器压迫牙龈或牙齿异常松动时，应及时复诊调整方案。