新生儿接受CT检查可能产生电离辐射影响，但临床必要情况下医生会严格控制剂量。CT检查对新生儿的潜在风险主要包括辐射暴露和镇静剂使用两方面。
CT检查使用的X射线属于电离辐射，新生儿组织器官对辐射更敏感，可能增加远期癌症发生概率。但现代低剂量CT技术和铅防护措施可将辐射量控制在安全范围内。临床中头部CT的典型有效剂量为2-4mSv，相当于数月自然本底辐射。对于必须通过CT确诊的颅内出血、骨折等急重症，获益远大于风险。
部分新生儿检查需要镇静剂保持体位稳定，可能引发呼吸抑制、心率下降等不良反应。早产儿、低体重儿更易发生药物代谢异常。但麻醉医师会根据体重精确计算药量，并全程监测生命体征。目前常用水合氯醛溶液镇静，其安全性已获临床验证。
家长应配合医生做好检查前准备，检查后注意观察喂养情况、睡眠状态和皮肤反应。母乳喂养有助于加速造影剂代谢，检查后24小时内可适当增加喂哺次数。保持环境安静避免过度刺激，记录异常哭闹、呕吐或皮疹等情况并及时告知医生。若无禁忌证，检查后2小时可恢复常规喂养，但需避免突然改变体位以防镇静剂残留效应。