鱼肝油一般建议在早餐后或午餐后服用，有助于脂溶性维生素的吸收。鱼肝油的主要服用时间受进食时间、个体吸收差异、药物相互作用等因素影响。
鱼肝油含有维生素A和维生素D，属于脂溶性维生素，随餐或餐后服用能借助食物中的脂肪促进吸收。空腹服用可能降低吸收率，且部分人群可能出现胃肠不适。早餐后服用可避免与其他药物相互作用，例如避免与含钙、铁制剂同服影响吸收。若需分次服用，午餐后补充能维持血药浓度稳定。对胃肠敏感者，晚餐后服用可减少夜间不适感，但需注意避免与催眠类药物同服。
特殊情况下如术后恢复或夜盲症患者，医生可能调整至晚间服用以配合治疗需求。服用期间需定期监测维生素A和D水平，防止蓄积中毒。儿童及孕妇应在医生指导下调整剂量和时间。胶囊剂型可刺破后混入食物，但需避免高温烹调。液体剂型建议用滴管定量，直接滴入口中或与凉食混合。
服用鱼肝油期间应保持均衡饮食，避免同时摄入其他维生素A或D补充剂。适当增加富含不饱和脂肪酸的食物如深海鱼、坚果，有助于协同吸收。日常可配合适度晒太阳促进维生素D合成，但需注意防晒。储存时应避光密封，置于阴凉干燥处。若出现头痛、嗜睡、皮肤干燥等过量症状，应立即停用并就医。长期服用者每半年需检测肝肾功能，老年人及慢性病患者更需严格遵循医嘱调整用量。