甲状腺萎缩能否治好需根据病因决定，部分情况可通过治疗改善功能，但已萎缩的腺体通常无法完全恢复。
甲状腺萎缩的治疗效果与病因密切相关。由桥本甲状腺炎引起的萎缩，通过左甲状腺素钠片等激素替代治疗可维持正常功能，但腺体萎缩不可逆。碘缺乏导致的萎缩在早期补充碘剂后可能部分恢复功能，长期严重缺碘造成的损害较难逆转。甲状腺术后或放射性治疗引发的萎缩需终身服用甲状腺激素，腺体再生概率极低。部分病毒感染或自身免疫性疾病导致的萎缩，在控制原发病后可能阻止进一步恶化，但已损伤组织难以修复。先天性甲状腺发育不良通常需要从婴幼儿期开始持续替代治疗。
极少数情况如亚急性甲状腺炎恢复期可能出现暂时性萎缩，经抗炎治疗后腺体功能可逐步恢复。某些药物诱导的可逆性萎缩在停药后可能改善。但绝大多数甲状腺萎缩属于不可逆的器质性病变，临床治疗目标以维持激素水平为主而非恢复腺体形态。
甲状腺萎缩患者应定期监测TSH和甲状腺激素水平，严格遵医嘱调整药物剂量。日常需保证均衡饮食，适量摄入海带紫菜等含碘食物但避免过量。注意保暖避免受凉，保持规律作息和适度运动。出现心悸手抖等甲亢症状或乏力怕冷等甲减症状加重时需及时就医。避免自行服用含碘药物或保健品，治疗期间每3-6个月复查甲状腺超声和功能指标。