眼球萎缩通常无法完全治愈，但可通过医疗干预改善症状或防止进一步恶化。眼球萎缩可能与视神经损伤、先天性发育异常、严重眼外伤、葡萄膜炎晚期、视网膜脱离等因素有关。
眼球萎缩多由不可逆的器质性病变导致。视神经损伤常见于青光眼晚期或外伤，表现为视力急剧下降伴瞳孔散大，需通过降眼压药物如布林佐胺滴眼液、激光治疗或视神经减压术延缓进展。先天性发育异常如小眼球症多合并其他畸形，可通过义眼植入改善外观，但无法恢复视觉功能。严重眼外伤后眼球结构破坏且合并感染时，可能需行眼球内容物剜除术联合羟基磷灰石义眼台植入。葡萄膜炎晚期因长期炎症导致睫状体功能丧失，需长期使用醋酸泼尼松龙滴眼液控制炎症，严重者需玻璃体切割手术。视网膜脱离超过6个月未治疗者，光感受器细胞会不可逆凋亡，此时即使手术复位视网膜也无法恢复视力。
极少数特殊情况如早期发现眼球容积减小但尚未发生结构破坏时，通过大剂量糖皮质激素冲击治疗可能部分逆转萎缩进程。某些代谢性疾病如甲状腺相关眼病引起的眼球后缩，在控制原发病后可能改善眼球位置。对于儿童单侧眼球萎缩，早期佩戴巩膜壳可促进眼眶发育，减少面部不对称。
眼球萎缩患者应定期进行眼科检查监测病情变化，避免剧烈运动导致外伤风险。佩戴义眼者需每日清洁眼窝，使用人工泪液保持结膜湿润。营养方面注意补充维生素A和叶黄素，避免吸烟及强光刺激。心理疏导对改善外观缺陷导致的自卑情绪尤为重要，可加入患者互助组织获取支持。若出现眼痛、分泌物增多等异常应及时就医排查感染。