甲状腺萎缩通常难以完全恢复，但通过规范治疗可改善功能。甲状腺萎缩可能与自身免疫损伤、碘缺乏、药物因素、放射性治疗或先天性发育异常有关。
甲状腺萎缩的治疗效果与病因密切相关。自身免疫性甲状腺炎导致的萎缩需长期服用左甲状腺素钠片替代治疗，如优甲乐、雷替斯等，可维持正常代谢功能但无法逆转腺体萎缩。碘缺乏引起的萎缩在早期补碘后可能出现部分恢复，但长期缺碘造成的损伤通常不可逆。放射性碘治疗或手术后残留的甲状腺组织可能代偿性增生，但萎缩部分难以再生。先天性甲状腺发育异常者需终身激素替代，腺体恢复概率极低。
极少数短期药物性甲状腺萎缩在停用致病药物后可能逐渐恢复，如胺碘酮、锂剂等引起的可逆性损伤。亚急性甲状腺炎后期的一过性萎缩也可能随炎症消退而改善。但此类情况需严格监测激素水平，及时调整治疗方案。
甲状腺萎缩患者应定期检测促甲状腺激素和游离甲状腺素水平，根据结果调整药物剂量。日常需保证均衡饮食，适量摄入海带紫菜等富碘食物但避免过量。注意保暖防寒，避免剧烈运动引发代谢紊乱。出现心悸、怕热、体重骤降等甲亢症状或嗜睡、怕冷、浮肿等甲减症状时需及时复诊。保持规律作息与情绪稳定有助于维持激素水平稳定。