怀孕两周通常不建议用药流。药物流产适用于停经49天内的宫内妊娠，但需经超声确认孕囊位置及大小后由医生评估。
药物流产需使用米非司酮片联合米索前列醇片，通过阻断孕激素使胚胎停止发育并促进子宫收缩排出。但孕两周时胚胎可能尚未着床或孕囊过小，超声难以确认位置，盲目用药可能导致不全流产或大出血。药物流产存在恶心呕吐、腹痛、过敏等副作用，需在具备急救条件的医疗机构进行。用药后需严格随访，确认妊娠组织完全排出。宫外孕、哮喘、肾上腺疾病等患者禁用药物流产。
发现怀孕后应及时就医完善血HCG、孕酮及超声检查，由医生根据孕周、胚胎发育情况及健康状况制定终止或继续妊娠的方案。避免自行购买流产药物，流产后需注意休息，补充营养，观察出血量，2周内禁止盆浴及性生活，出现发热、持续腹痛或大量出血需立即就诊。计划妊娠者建议孕前3个月开始补充叶酸，避免接触有毒物质。