头颅磁共振主要用于检查脑组织、脑血管及颅神经等结构的病变，包括脑梗死、脑肿瘤、脑炎、脑血管畸形、多发性硬化等疾病。
头颅磁共振通过磁场和射频波生成高分辨率图像，能清晰显示脑灰质、白质、脑室系统及血管形态。对于急性脑卒中患者，可区分缺血性与出血性病变。在脑肿瘤诊断中，能明确肿瘤位置、大小及与周围组织关系。对脱髓鞘疾病如多发性硬化，可检测脑白质异常信号灶。脑血管成像技术无需造影剂即可评估动脉瘤、血管狭窄等病变。对于颅脑外伤后遗症，可识别微小出血灶或脑挫裂伤。
检查前需去除金属物品，体内有心脏起搏器或金属植入物者应提前告知医生。检查过程中保持静止，儿童或不配合者可能需要镇静剂。检查后无需特殊护理，但若发现异常结果应及时携带影像资料至神经内科或神经外科就诊。日常应注意避免头部外伤，控制高血压等脑血管病危险因素。