头颅CT和磁共振的主要区别在于成像原理、适用场景及检查侧重点不同，CT适合快速排查急性出血、骨折等，磁共振更擅长显示脑实质、神经及血管的细微结构。
CT利用X射线快速扫描生成断层图像，对钙化、骨骼及急性出血的敏感度高，检查时间通常仅需5-10分钟，适合急诊患者或无法长时间配合的儿童。但CT对软组织的分辨率较低，且存在电离辐射风险。磁共振通过磁场和射频脉冲成像，无辐射且能多角度、多序列扫描，对脑肿瘤、缺血性脑卒中早期病灶、白质病变等显示更清晰，但检查时间较长需20-60分钟，且对体内金属植入物患者有限制。
CT设备成本较低，普及率高，多数医疗机构可开展；磁共振设备昂贵，对场地和操作技术要求更高，部分基层医院可能无法提供。从费用看，头颅CT价格通常为磁共振的三分之一到二分之一，但具体需结合检查部位和序列需求综合评估。
建议根据临床需求选择检查方式，急性外伤或卒中优先CT，慢性神经系统疾病或需精细评估时选择磁共振。检查前需告知医生病史及体内植入物情况，妊娠早期女性应避免非必要CT检查。