颅内真菌感染通常可以治好，但治疗难度较大且周期较长，需根据感染类型、患者免疫状态及治疗时机综合判断。
免疫功能正常的患者经规范抗真菌治疗如两性霉素B脂质体、伏立康唑注射液等后，多数可达到临床治愈。早期确诊并用药能显著改善预后，部分患者需联合手术清除病灶。治疗期间需监测肝肾功能及药物浓度，疗程通常持续数月。
免疫功能低下者如艾滋病、长期使用免疫抑制剂患者治愈率较低，易复发或进展为慢性感染。隐球菌性脑膜炎等特殊类型感染可能遗留神经系统后遗症。耐药菌株感染或延误治疗会导致死亡率上升，需调整用药方案并加强支持治疗。
患者应严格遵医嘱完成全程治疗，避免自行停药。治疗期间保持充足营养摄入，适当补充优质蛋白和维生素以增强免疫力。注意观察头痛、发热等症状变化，定期复查脑脊液和影像学检查。避免接触霉变环境，免疫功能低下者需预防性使用抗真菌药物。出现视力模糊、意识障碍等紧急症状时须立即就医。