鼻咽镜检查通常不会造成明显痛苦，但可能引起短暂不适感。检查过程中可能出现恶心、鼻腔酸胀等反应，多数患者可以耐受。
鼻咽镜检查前会使用表面麻醉剂减轻不适，医生操作时动作轻柔，器械直径较细，对鼻腔黏膜刺激较小。检查时间较短，一般3-5分钟即可完成，过程中保持平稳呼吸可减少不适。部分敏感人群可能出现流泪、打喷嚏等生理反应，属于正常现象。检查后可能出现短暂咽喉异物感，1-2小时可自行缓解。
少数鼻腔结构异常或咽反射敏感者可能体验较强不适，如严重鼻中隔偏曲患者可能因器械通过困难而疼痛。慢性鼻炎急性发作期检查时，黏膜充血肿胀可能加重刺激感。儿童或精神紧张者配合度较低，可能增加操作难度。这些情况医生会提前评估，必要时改用更细的电子鼻咽镜或调整检查方案。
检查前4小时建议禁食防止呕吐，穿着宽松衣物保持放松体位。检查后1小时内避免进食过热食物，用生理盐水清洗鼻腔有助于缓解干燥感。长期吸烟者检查前3天应减少吸烟量，降低黏膜敏感度。若检查后出现持续出血或剧烈疼痛，应及时返院处理。定期进行鼻咽镜检查是早期发现鼻咽部病变的有效手段，建议高风险人群每年检查一次。