鼻咽镜检查通常不会造成明显痛苦，但可能引起轻微不适感。检查前会使用表面麻醉剂减轻反应，多数患者可耐受。
鼻咽镜检查的不适感主要来源于器械经鼻腔进入时的异物感，以及触碰鼻咽部黏膜的刺激。医生会提前在鼻腔喷洒利多卡因等局部麻醉药物，能有效降低敏感度。检查过程中需保持头部固定，配合医生指令做吞咽或屏气动作，通常3-5分钟即可完成。儿童或鼻腔结构异常者可能出现较强不适，此时可采用直径更细的电子鼻咽镜或镇静措施。检查后可能出现短暂咽喉异物感或干咳，一般半小时内自行缓解。
极少数对麻醉药物过敏或存在严重鼻中隔偏曲的患者，可能因黏膜肿胀、器械通过困难而产生较明显疼痛。若检查中发现肿物需取活检，会有类似鱼刺卡喉的短暂锐痛。这类情况医生会提前告知风险，并备有应急处理方案。有严重心血管疾病或凝血功能障碍者需评估后再决定是否检查。
检查前4小时需禁食禁水避免呛咳，术后2小时待咽喉麻木感消退后再进食温凉流质。当天避免用力擤鼻或剧烈运动，出现持续出血、呼吸困难需立即就医。定期鼻咽镜检查对早期发现鼻咽癌等疾病有重要价值，不必因恐惧疼痛延误诊疗。