心肌炎可能遗留心律失常、心功能不全、心肌纤维化等后遗症，具体表现与病情严重程度及治疗时机有关。
1、心律失常
心肌炎恢复期常见室性早搏、房室传导阻滞等心律失常。炎症导致心肌电传导系统受损时，可能引发持续性心动过速或心动过缓，严重者需安装心脏起搏器。急性期未充分休息可能加重传导异常。
2、心功能不全
部分重症患者会出现左心室收缩功能下降，表现为活动后气促、下肢水肿。心肌细胞不可逆损伤后，心脏泵血效率降低，长期可能发展为扩张型心肌病，需定期监测心脏超声。
3、心肌纤维化
炎症修复过程中过度纤维组织增生会替代正常心肌，导致心脏僵硬度增加。这类患者心电图常显示ST-T改变，运动耐量渐进性减退，后期易合并心力衰竭。
4、心包病变
约两成患者并发心包炎，愈后可能遗留心包增厚或粘连。听诊可闻及心包摩擦音，剧烈运动时可能出现胸痛，超声心动图有助于评估心包积液情况。
5、血栓栓塞
心腔内血流淤滞时可能形成附壁血栓，脱落可引发脑梗死或肺栓塞。合并房颤者风险更高，必要时需遵医嘱使用华法林片或利伐沙班片等抗凝药物。
心肌炎康复期应避免剧烈运动3-6个月，保证充足睡眠，限制钠盐摄入每日不超过5克。可进行散步等低强度有氧运动，心率控制在最大预测值的60%以下。定期复查心电图、心肌酶谱和心脏超声，若出现胸闷、夜间阵发性呼吸困难等症状需立即就诊。保持低脂饮食，适量补充辅酶Q10软胶囊等心肌营养剂，但须在医生指导下使用。