服用紧急避孕药后仍可能发生宫外孕，但概率较低。紧急避孕药主要通过抑制排卵、干扰受精或阻止受精卵着床发挥作用，但若受精卵已在输卵管着床，药物无法终止异位妊娠。
紧急避孕药的有效性与用药时间密切相关，越早服用避孕效果越好。药物成分左炔诺孕酮可延缓排卵，使宫颈黏液变稠阻碍精子穿透，并改变子宫内膜环境阻止受精卵着床。这些机制对宫内妊娠有显著抑制作用，但对已发生的输卵管妊娠无逆转作用。输卵管炎症、既往宫外孕史、子宫内膜异位症等患者，受精卵在输卵管内着床的风险本就较高，紧急避孕药无法消除这类病理因素。
极少数情况下，紧急避孕药可能因改变输卵管蠕动功能，反而增加受精卵滞留输卵管的风险。但现有医学研究显示，规范使用紧急避孕药不会显著提高宫外孕总体发生率。若服药后出现剧烈腹痛、阴道不规则出血、肩部放射痛等症状，需警惕宫外孕可能，应立即就医排查。
建议将紧急避孕药作为避孕失败的补救措施，而非常规避孕方式。服药后需密切观察月经情况，若月经延迟超过1周或出现异常症状应及时检测妊娠。日常应采取可靠避孕措施如短效避孕药、避孕套等，降低意外妊娠风险。有输卵管病变史的女性更应做好孕前检查，必要时通过输卵管造影评估生殖系统状况。保持规律作息、避免吸烟、控制盆腔炎症等措施也有助于维护输卵管功能。