肛周脓肿手术通常会有一定程度的疼痛，但可通过麻醉和术后镇痛管理有效控制。
手术过程中会采用局部麻醉或全身麻醉，患者不会感受到明显疼痛。麻醉药物如利多卡因注射液、布比卡因注射液等可阻断神经传导，确保手术无痛进行。术后麻醉消退后可能出现伤口胀痛，疼痛程度与脓肿大小、手术范围及个人耐受性相关。医生会根据情况开具镇痛药物如对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊等缓解不适。部分患者可能因创面渗出或排便刺激产生短暂刺痛感，保持创面清洁和使用高锰酸钾坐浴可减轻症状。
极少数情况下可能出现术后持续剧痛，可能与感染未彻底清除、创面愈合不良或肛瘘形成有关。此时需及时就医排查原因，必要时进行二次清创或引流。糖尿病患者、免疫力低下者及复杂性脓肿患者术后疼痛风险略高，需加强换药和抗感染治疗。
术后应保持肛门清洁干燥，每日用温水或1：5000高锰酸钾溶液坐浴2-3次，每次10-15分钟。饮食选择易消化的流质或半流质食物，避免辛辣刺激及油腻食物，多摄入富含膳食纤维的蔬菜水果预防便秘。穿着宽松棉质内裤减少摩擦，避免久坐久站，可适当垫软枕缓解局部压力。按医嘱定期换药复查，出现发热、剧烈疼痛或异常分泌物需立即就诊。术后2周内避免剧烈运动，1个月内禁止骑自行车等会阴部受压活动。