肛周脓肿开刀后可能出现局部疼痛、创面渗液、肛门失禁等后遗症，多数症状可通过规范护理缓解，少数需进一步治疗。
术后早期常见局部疼痛与肿胀，通常由创面炎症反应或组织修复过程引起，保持创面清洁并使用医生开具的止痛药如布洛芬缓释胶囊可缓解不适。部分患者可能出现淡黄色渗液，属于正常愈合现象，每日用高锰酸钾溶液坐浴有助于减少分泌物。少数患者因手术损伤肛门括约肌导致控便能力下降，表现为轻度肛门失禁，可通过提肛训练改善肌力。极少数情况下因感染未彻底清除形成肛瘘，需二次手术处理。术后1-2周内排便时带血丝较常见，与创面摩擦有关，增加膳食纤维摄入如燕麦、西蓝花可软化粪便。
若术后出现持续高热、脓性分泌物增多或剧烈疼痛，可能提示继发感染或脓肿复发，需及时就医进行引流或抗生素治疗。糖尿病患者或免疫力低下者更易发生愈合延迟，需延长换药周期并监测血糖。既往有肛肠手术史者可能因瘢痕粘连导致肛门狭窄，需定期扩肛。术中若损伤肛腺导管可能引发慢性肛窦炎，表现为反复肛门坠胀，需配合甲硝唑栓等药物控制炎症。
肛周脓肿术后应避免久坐久站，每日用温水清洗肛门后涂抹莫匹罗星软膏预防感染，穿宽松棉质内裤减少摩擦。饮食上选择清蒸鱼、南瓜粥等低渣食物，限制辛辣刺激食材摄入。恢复期间禁止剧烈运动或提重物，排便时勿过度用力，可口服乳果糖口服溶液帮助通便。术后3个月内定期复查肛门指检与超声，观察创面愈合情况。出现肛门瘙痒时勿抓挠，可用氧化锌软膏涂抹缓解，保持规律作息有助于提升免疫力促进康复。