肛瘘手术主要通过切除或挂线等方式清除瘘管，具体术式需根据瘘管位置、复杂程度决定，常见有肛瘘切除术、肛瘘切开术、挂线疗法等。
肛瘘切除术适用于低位单纯性肛瘘，医生会完整切除瘘管及周围病变组织，创面开放愈合。肛瘘切开术将瘘管纵行切开并清理坏死组织，适合浅表瘘管。挂线疗法用弹性线或橡皮筋贯穿瘘管，通过缓慢切割促进愈合，多用于高位复杂性肛瘘避免肛门失禁。部分患者可能需分阶段手术，先引流脓肿再处理瘘管。术中会使用局部麻醉或骶管麻醉，术后需每日消毒换药并配合抗生素预防感染。
术后应保持肛门清洁干燥，排便后可用温水坐浴10-15分钟，饮食选择高纤维的蔬菜水果和全谷物避免便秘，避免久坐久站减少局部压力，按医嘱定期复查瘘管愈合情况，若出现发热、剧烈疼痛或渗液增多需及时就医。恢复期间禁止剧烈运动和重体力劳动，建议穿宽松棉质内衣减少摩擦。