吃完菠萝蜜的籽一般有用，可以煮熟后食用或用于其他用途，但需注意处理方式和食用量。
菠萝蜜的籽含有淀粉、蛋白质、膳食纤维等营养成分，煮熟后口感类似栗子，可作为零食或炖汤食材。将籽洗净后煮沸15-20分钟至软糯，剥去外层硬壳即可食用。其膳食纤维有助于促进消化，但过量可能引起腹胀。未煮熟的籽含有微量毒素和抗营养物质，须彻底加热破坏。部分人群会将其晒干磨粉，作为天然增稠剂加入面食或粥品中。
菠萝蜜籽在传统医学中曾被用于缓解腹泻或皮肤炎症，但缺乏现代医学证据支持。其提取物在实验室研究中显示一定抗氧化活性，但实际应用效果尚不明确。种植者可能利用籽繁殖新植株，需保留完整胚芽并控制湿度。工业上可加工成饲料或生物燃料原料，但家庭操作难以实现。对菠萝蜜过敏者应避免接触籽，防止交叉过敏反应。
日常食用菠萝蜜籽建议每次不超过10颗，儿童需减半并确保完全煮透。胃肠功能较弱者可延长烹煮时间至30分钟，或搭配陈皮、山楂等助消化食材。保存生籽需冷藏并3天内处理，避免霉变。若尝试外用偏方出现皮肤红肿应立即停用并冲洗。孕期及哺乳期女性食用前建议咨询医生，过敏体质者首次尝试需观察是否有口唇发麻等不适症状。合理利用菠萝蜜籽能减少食物浪费，但不应替代正规药物治疗疾病。