发苦的南瓜通常不建议食用。南瓜发苦可能与品种差异、储存不当或变质有关，存在健康风险。
南瓜本身含有微量葫芦素C，正常甜味品种含量极低，但部分野生或杂交品种可能因基因差异导致苦味物质积累。这类南瓜食用后可能引发口干、恶心等不适症状，高温烹饪也无法完全破坏毒素。储存时间过长或环境潮湿会导致南瓜腐烂霉变，霉变部位可能产生展青霉素等有害物质，即使切除霉变部分，内部组织仍可能被污染。南瓜在生长过程中若遭受虫咬、冻伤等物理损伤，伤口处易滋生细菌并产生苦味代谢物。部分商贩可能使用劣质农药或过量激素催熟，残留物渗透果肉导致异常苦味。
极少数情况下，南瓜与某些金属容器接触可能发生化学反应产生苦味化合物，但概率较低。特殊品种如金丝南瓜本身带有轻微苦味，需确认是否为可接受食用品种。
选购南瓜时应选择外形完整、无破损霉斑的成熟果实，储存时保持阴凉干燥。若发现南瓜有苦味应立即停止食用，出现腹痛、呕吐等症状需及时就医。日常饮食可搭配胡萝卜、红薯等富含β-胡萝卜素的根茎类蔬菜，避免长期存放切开后的南瓜。建议通过正规渠道购买农产品，食用前仔细清洗表皮并削去蒂部凹陷处，该部位易积聚污染物。