会厌囊肿通常不会自行消失，建议通过手术切除治疗。会厌囊肿可能与先天发育异常、慢性炎症刺激、喉部损伤等因素有关，多数需要医疗干预。
会厌囊肿是发生在会厌黏膜下的囊性病变，由于囊壁结构完整且内含黏液，自然吸收的概率较低。囊肿较小时可能无明显症状，但随着体积增大会出现咽喉异物感、吞咽困难或呼吸不畅。若继发感染还可能引起疼痛和发热，此时更需积极处理。临床常用喉镜下微创切除术或激光消融术，创伤小且复发率低。术后需避免辛辣刺激饮食，定期复查喉镜观察恢复情况。
极少数情况下，婴幼儿的微小会厌囊肿可能在生长发育过程中因黏膜重塑而缩小，但成人自愈案例极为少见。若囊肿因外伤破裂导致内容物排出，可能暂时缓解症状，但囊壁残留仍会导致复发。长期未治疗的囊肿可能压迫气道或继发感染，需警惕窒息风险。对于合并糖尿病等基础疾病的患者，更应优先手术干预。
确诊会厌囊肿后应避免用力咳嗽或进食尖锐食物以防囊肿破裂，保持口腔清洁减少感染风险。术后恢复期建议选择温凉流质饮食，用生理盐水漱口促进创面愈合。若出现呼吸急促、颈部肿胀等异常情况需立即就医。日常可通过戒烟酒、控制胃酸反流等措施降低复发概率，咽喉长期不适者建议每年进行喉镜检查。