间质瘤可能是恶性肿瘤，也可能是良性肿瘤，具体性质需通过病理检查确定。胃肠道间质瘤是最常见的类型，具有潜在恶性倾向。
胃肠道间质瘤起源于消化道壁的卡哈尔间质细胞，其恶性程度与肿瘤大小、核分裂象数量密切相关。直径小于2厘米且核分裂象少的肿瘤通常为良性，生长缓慢且转移概率低。直径超过5厘米或核分裂象活跃的肿瘤恶性风险显著增加，可能侵犯周围组织或发生远处转移。部分间质瘤存在KIT或PDGFRA基因突变，这类肿瘤即使体积小也可能具有侵袭性。病理学检查是区分良恶性的金标准，需结合免疫组化标记物如CD117、DOG1进行综合评估。
极少数间质瘤表现为惰性生物学行为，即使体积较大也不发生转移，这类肿瘤术后复发风险较低。儿童型间质瘤多为良性，但可能伴有淋巴结转移的特殊亚型。位于食管或直肠的间质瘤恶性概率高于胃部病灶。野生型间质瘤虽无常见基因突变，但部分亚型仍可能进展为恶性。多发性或家族性间质瘤综合征患者需警惕恶性转化可能。
确诊间质瘤后应定期进行影像学复查，胃镜检查有助于监测消化道病灶变化。避免高脂高盐饮食，适量补充优质蛋白和维生素可帮助维持免疫功能。术后患者需遵医嘱服用靶向药物如伊马替尼进行辅助治疗，避免剧烈运动导致腹腔压力增高。出现腹痛加剧、呕血或黑便等症状时需立即就医。长期随访中应注意监测肝脏等常见转移靶器官情况。