胃肠间质瘤可能是恶性肿瘤，也可能是良性肿瘤，具体性质需通过病理检查确定。胃肠间质瘤是起源于胃肠壁间质细胞的肿瘤，其恶性程度与肿瘤大小、位置、细胞分裂活性等因素有关。
胃肠间质瘤的恶性概率随肿瘤直径增大而升高。直径小于2厘米的肿瘤多为良性，生长缓慢且转移概率低。直径超过5厘米的肿瘤恶性风险显著增加，可能出现局部浸润或远处转移。肿瘤位于胃部时恶性概率相对较低，而小肠部位的肿瘤更具侵袭性。病理检查中若发现细胞核异型性明显、核分裂象超过5个/50高倍视野，则提示恶性肿瘤特征。
约10%-30%的胃肠间质瘤具有恶性生物学行为。这类肿瘤可能侵犯邻近器官或通过血液转移至肝脏、腹膜等处。部分病例存在c-kit或PDGFRA基因突变，这类分子特征与肿瘤恶性程度相关。即使病理诊断为良性，仍有少数病例后期发生恶变，因此所有胃肠间质瘤患者均需长期随访。
确诊胃肠间质瘤后应定期进行影像学复查，包括腹部超声、CT或MRI检查。日常饮食宜选择易消化食物，避免辛辣刺激性饮食。保持规律作息，适度进行低强度运动如散步、太极等。若出现腹痛加重、呕血黑便、体重骤降等症状需立即就医。术后患者应严格遵医嘱服用靶向药物，不可自行调整剂量或停药。