橙子坏了一半时，另一半通常不建议食用。腐烂的橙子可能因霉菌扩散或细菌污染导致健康风险，即使肉眼未见变质。
橙子局部腐烂后，霉菌产生的毒素可能通过汁液渗透至看似完好的部分。常见的扩展青霉、链格孢等真菌会分泌展青霉素等有害物质，这些毒素耐高温且可能损伤肝脏或神经系统。腐烂部位周围1-2厘米的果肉即使外观正常，也可能存在菌丝扩散。细菌性腐败则可能引发胃肠炎，表现为腹痛腹泻等症状。对于仅有机械损伤但无霉变的橙子，切除损伤部位后2小时内食用相对安全，但需确保切口处无变色或异味。孕妇、儿童及免疫力低下者应避免食用任何部分腐烂的水果。
若橙子因冷藏不当导致局部冻伤而未霉变，切除冻伤部分后尽快食用风险较低。但冻伤会加速维生素C氧化，营养价值已下降。部分商家可能将腐烂橙子加工成果汁，此过程无法消除霉菌毒素，购买预包装果汁需注意保质期与包装完整性。有机种植的橙子因未使用防腐剂，腐败后毒素扩散速度可能更快。
日常储存橙子时应置于通风阴凉处，冷藏可延长保鲜期至2-3周，避免与香蕉等乙烯释放量大的水果混放。选购时注意果蒂新鲜、表皮无凹陷斑点，轻微油胞发黑可能是品种特征而非变质。食用前用流动水清洗表皮可减少表面微生物，但无法清除已侵入果肉的毒素。建议优先食用完整新鲜的水果，若发现霉变应立即丢弃整颗，避免剜除后食用剩余部分。对于轻微干瘪但未腐烂的橙子，可榨汁或制作果酱高温灭菌后食用。