肠镜属于侵入性检查，可能引发肠穿孔、出血等并发症，若无明确适应症不建议轻易进行。
肠镜检查需将内窥镜经肛门插入肠道，操作过程中可能因机械刺激导致肠黏膜损伤。肠道准备阶段需服用泻药清洁肠道，部分患者可能出现电解质紊乱或脱水。检查时使用的镇静药物可能引起呼吸抑制等不良反应，高龄或心肺功能不全者风险更高。既往有腹部手术史的患者可能存在肠粘连，增加操作难度和穿孔概率。炎症性肠病急性期进行肠镜可能加重病情扩散。
建议存在便血、持续腹泻、排便习惯改变等报警症状时再考虑肠镜检查，日常可通过增加膳食纤维摄入、规律作息等方式维护肠道健康。50岁以上人群可优先选择粪便隐血试验等无创筛查，确有需要时在医生评估下进行肠镜。检查前应充分告知医生用药史和过敏史，检查后24小时内避免驾驶和精细操作，出现剧烈腹痛或便血需立即就医。