小儿甲状腺癌预后通常较好，多数患儿经过规范治疗后长期生存率较高。预后差异主要与病理类型、分期、治疗时机等因素有关。
小儿甲状腺癌以分化型甲状腺癌为主，包括乳头状癌和滤泡状癌，这类肿瘤生长缓慢且对放射性碘治疗敏感。早期确诊并接受甲状腺全切术联合放射性碘治疗的患儿，10年生存率可达较高水平。术后需长期服用左甲状腺素钠片维持甲状腺功能，并定期监测甲状腺球蛋白和颈部超声。
少数患儿可能出现髓样癌或未分化癌等侵袭性较强的病理类型，这类病例预后相对较差。存在远处转移或手术切除不彻底的情况也会影响治疗效果。基因检测发现RET基因突变者需警惕多发性内分泌腺瘤病可能，这类患儿需更密切的随访。
患儿术后应保持均衡饮食，适当增加优质蛋白和维生素摄入，避免高碘食物过量。规律复查甲状腺功能并根据结果调整药物剂量，日常注意观察有无声音嘶哑或颈部肿块复发。家长需帮助孩子建立规律服药习惯，青春期患儿要特别关注药物对生长发育的影响，建议每3-6个月复查甲状腺超声和肿瘤标志物。