肠镜检查存在一定风险，但整体安全性较高。主要风险包括肠道穿孔、出血、麻醉相关并发症等，发生率通常较低。
肠镜检查过程中，器械可能对肠壁造成机械性损伤，尤其是存在肠粘连或肠道炎症的患者。操作时若用力过猛或角度不当，可能引发肠道穿孔，表现为剧烈腹痛、腹胀或发热。出血多发生于活检或息肉切除术后，通常为少量渗血，极少数情况下需输血或介入止血。麻醉风险与患者基础疾病相关，如心肺功能异常者可能出现呼吸抑制或血压波动。术前评估可降低此类风险。
特殊情况下风险可能升高，如老年患者、长期服用抗凝药物者或存在严重肠道病变者。肠道准备不充分可能导致视野不清，增加操作难度和并发症概率。既往腹部手术史者可能因腹腔粘连增加穿孔风险。炎症性肠病活动期患者肠壁脆弱，检查需格外谨慎。部分患者术后可能出现短暂腹胀或排便异常，多数可自行缓解。
为降低肠镜检查风险，建议选择正规医疗机构并由经验丰富的医生操作。检查前严格遵医嘱完成肠道准备，避免残留粪便影响观察。术前如实告知医生用药史、过敏史及既往手术史。术后24小时内避免剧烈运动，观察有无持续性腹痛、便血或发热等症状。饮食应从流质逐渐过渡到普食，避免辛辣刺激食物。长期服用阿司匹林等抗凝药物者需根据医生指导调整用药。出现异常情况应及时就医处理。