辛夷鼻炎丸可能存在副作用，常见不良反应包括轻度胃肠不适、头晕等，通常停药后可自行缓解。
辛夷鼻炎丸作为中成药，其副作用多与个体差异或用药不当有关。部分患者服药后可能出现恶心、腹胀等胃肠反应，可能与药物成分刺激胃肠黏膜有关。少数患者可能因对药物成分敏感而出现皮疹、皮肤瘙痒等过敏反应。长期或过量服用可能加重肝肾代谢负担，但临床发生率较低。药物组方中的辛夷、苍耳子等成分具有一定刺激性，鼻炎急性发作期患者需谨慎使用。用药期间若出现心悸、胸闷等严重不适，应立即停药并就医。
服用辛夷鼻炎丸期间应避免辛辣刺激性饮食，忌烟酒及生冷食物，服药3天后症状无改善或出现新症状时应及时就诊。过敏性体质患者用药前应咨询医师，孕妇、哺乳期妇女及儿童须在医生指导下使用，服药期间注意观察身体反应，避免与其他抗组胺药或感冒药联用，用药后避免驾驶或操作精密仪器以防头晕等不良反应影响判断力。