复杂性肛瘘术后存在一定复发概率，复发率与瘘管位置、手术方式及术后护理等因素相关。术后需严格遵循医嘱进行伤口护理和定期复查。
复杂性肛瘘术后复发主要与手术清除不彻底有关。高位肛瘘因瘘管走行深且分支多，术中可能遗漏微小瘘管或感染灶。术中采用挂线疗法或瘘管切开术时，若未完全处理内口及分支管道，残留的肛腺感染可能导致复发。术后创面愈合不良也是常见诱因，如过早排便导致伤口污染、局部血供不足影响组织修复等。
少数情况下，克罗恩病、结核等特殊病因导致的肛瘘更易复发。这类患者常伴有全身免疫异常或慢性感染，术后需针对原发病进行长期药物控制。糖尿病患者的伤口愈合能力较差，血糖控制不佳时复发风险显著增加。术后未规范使用抗生素或过早停用抗结核药物，也可能导致感染灶再次活动。
术后应保持肛门清洁干燥，每日用温水或高锰酸钾溶液坐浴2-3次，排便后及时清洗。饮食上增加膳食纤维摄入，避免辛辣刺激食物，保持大便通畅。术后1个月内避免剧烈运动和久坐，3-6个月定期复查肛门指诊或超声，发现异常分泌物、肿痛等症状需立即就医。吸烟者建议戒烟以改善局部血液循环，糖尿病患者需严格监测血糖。