电子结肠镜检查过程中可能出现轻微不适，但多数情况下不会产生剧烈疼痛。检查前会使用局部麻醉或镇静药物帮助缓解不适感。
电子结肠镜检查时，肠镜通过肛门进入肠道，可能会引起腹胀、牵拉感或短暂痉挛，这些感觉通常被描述为轻度不适而非疼痛。医生会通过调整进镜速度和注气量来减少刺激，部分敏感人群可能感受到类似腹泻前的腹部绞痛，但持续时间较短。检查中若发现息肉或需活检时，操作区域已麻醉，患者仅能感知器械触碰而不会觉疼痛。
少数对疼痛阈值较低、肠道粘连或曾接受盆腔手术的患者，可能因肠管迂曲成角而出现较明显痛感。炎症性肠病急性期、肠梗阻等病理状态也会增加检查难度和不适风险。此时医生会评估是否改用无痛肠镜（全麻）方案，或提前给予解痉药物改善耐受性。
检查前3天需进食低渣饮食，前1天服用清肠药物排空肠道以减少检查干扰。检查当日携带既往病历和心电图报告，穿着宽松衣物便于操作。术后2小时内避免进食，待麻醉完全消退后再饮水，24小时内禁止驾驶或高空作业以防镇静剂残留影响。若出现持续腹痛、便血或发热需立即就医。日常保持高纤维饮食和规律排便习惯有助于降低未来肠镜检查的不适感。