胃间质瘤的严重程度需根据肿瘤大小、位置及病理特征综合判断，多数情况下体积较小的低风险肿瘤预后较好，但存在恶性潜能的高风险肿瘤可能威胁生命。
体积小于2厘米且核分裂象少的胃间质瘤通常为极低风险或低风险，这类肿瘤生长缓慢，极少转移，部分甚至可通过内镜切除治愈。患者可能仅表现为轻微上腹不适或无症状，术后5年生存率超过95%。但需每6-12个月进行胃镜和增强CT随访，监测有无复发迹象。
直径超过5厘米或核分裂象活跃的肿瘤属于中高风险，具有侵袭性生长特性，可能侵犯周围脏器或发生肝转移。此类患者常出现消化道出血、梗阻或体重下降，即使完整切除后仍需长期服用甲磺酸伊马替尼等靶向药物控制复发。若发生转移，中位生存期约为20个月，需结合射频消融等综合治疗。
确诊胃间质瘤后应避免进食辛辣刺激食物，选择易消化的高蛋白饮食如鱼肉、蒸蛋等维持营养。术后恢复期可采用少食多餐模式，配合温和运动如散步促进胃肠蠕动。定期复查时需完善增强CT评估靶向药疗效，出现黑便、呕吐等预警症状应立即就医。心理上需正视疾病可治性，避免过度焦虑干扰治疗依从性。